Muỗi không phân biệt đối tượng khác nhau trong quần thể dân cư do vậy mọi người đều có thể mắc bệnh. Tuy nhiên có một số yếu tố gọi là yếu tố nguy cơ làm cho người đó có nhiều khả năng mắc bệnh hơn . Cũng nên nhớ là không phải tất cả mọi người nhiễm virus đều mắc bệnh.

• Tuổi: Một số viêm não thường xuất hiện hơn và/hoặc nặng nề hơn ở trẻ em hoặc người già.
• Suy giảm miễn dịch: Bệnh nhân suy giảm miễn dịch do bệnh hoặc do điều trị hoặc do ghép tạng có nguy cơ cao hơn.
• Vùng địa lý: Vùng nhiệt đới thường có nguy cơ viêm não cao hơn, nhất là viêm não do các arbovirus.
• Các hoạt động ngoài trời: Những người có hoạt động ngoài trời nhiều như làm vườn, chăn nuôi lợn, nghiên cứu chim, nghĩa là có nguy cơ tiếp xúc nhiều với muỗi sẽ dễ bị mắc bệnh hơn.
• Mùa trong năm: Các tháng nóng ấm mùa hè là mùa sinh sản của chim và muỗi do đó các bệnh viêm não do arbovirus tăng cao hơn. Vào mùa đông xuân, viêm não do virus ruột có thể gặp nhiều hơn.